空间转录组测序介绍
空间转录组测序（Spatial Transcriptomics）是一项前沿技术，用于在组织中同时获取基因表达信息和空间分布数据。能够从一片完整的组织切片中获取切片不同位置细胞中的转录组数据。空间转录组在生物医学研究、疾病机制和药物开发中具有广泛的应用前景，有助于深入理解细胞的功能和相互作用。
神经生物学：在神经系统中的应用有助于理解不同脑区域的细胞类型、功能和相互作用；
发育生物学：可追踪不同发育过程中不同细胞的基因表达变化，理解细胞分化和发育；
肿瘤生物学：在肿瘤微环境中各种细胞的转录表达及免疫功能的理解方面发挥重要作用；
免疫学：研究免疫细胞在组织中的分布和功能对于理解免疫反应至关重要，可以了解不同免疫细胞类型的基因表达和相互作用。
10x Visium
10x Genomics Visium将基因空间表达可视化，在识别不同细胞群的同时保留空间背景，提供了关于组织微环境中细胞功能、表型和位置关系的关键信息，为基因表达和组织复杂性研究提供了一个新视角。
将冰冻组织切片放置在10X Genomics Visium芯片的的捕获区域内，进行HE染色和成像后，对组织切片进行透化处理，细胞内的mRNA释放，从而被芯片上带有oligo-dT的探针捕获，并且每个探针都带有特异的地址序列，然后以mRNA为模版进行cDNA合成，构建文库后进行测序，从而能够获得基因表达的位置信息。
Visium空间基因表达玻片信息
Visium芯片有4个捕获区域，每个区域大小为6.5mm *6.5mm，每个spot直径为55um，包含数百万个用于捕获的oligo探针序列，相邻两个spot点的中心距离为100um。探针序列的结构为：测序引物结合序列，16 nt spatial barcoded，12 nt UMI及30 nt oligo-dT序列。
样本起始量与送样建议
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组织类型 |
样本收集 |
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OCT包埋冰冻组织/白片/切片 |
制备 OCT包埋冰冻组织块，建议组织大小为长×宽不超过 6.5mm×6.5mm，高度≥5mm；
白片或贴片建议准备6-13 片（10μm 厚度）。
封装好用干冰进行寄送。 |
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FFPE包埋组织/白片/切片 |
石蜡包埋组织封装好后，4℃进行寄送。
石蜡包埋白片或贴片建议准备6-13 片（5μm 厚度），4℃进行寄送。 |
注意事项：详细样本准备指南，请联系在线客服。
生物信息学分析内容
10x CytAssist
10x Visium CytAssist技术方案一经推出就备受瞩目，不仅完美解决了传统方案在FFPE样本的痛点，并且对样本要求更低，以卓越的数据表现备受好评。Visium CytAssist实验流程中，切片、组织制备、染色和成像都在标准载玻片上进行，在探针杂交后，将两张标准载玻片和一张带有两个捕获区域的基因表达玻片放入CytAssist仪器中，仪器捕捉明场图像，为数据分析提供空间定位，随后将转录组探针与基因表达玻片杂交，最后，把基因表达芯片从仪器中取出，进行后续探针延伸及文库构建。
10x Visium HD
与标准Visium完全不同，相比于标准Visium的55 μm 点阵、六边形排列的信号点，HD则采用了2 μm的方形连续网格图案，彼此之间没有间隙，大大提升了信号密度，可以实现单细胞的分辨率。Visium HD能够将全转录组空间基因表达的能力与单细胞分辨率相结合，以革命性的分辨率和数据质量揭示FFPE组织样本中微米级的独特生物学特性。
单细胞分辨率：改变了大直径55um Spot的设计，以2*2μm的方格为检测单位，以单细胞分辨率对组织进行生物学分析。
连续的组织覆盖：实现组织样本的连续检测，探索整张组织切片中以往被隐藏的生物学信息。
高质量的空间数据：借助CytAssist平台能够绘制最小生物结构和最复杂细胞微环境的空间结构图谱。
